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政府对医院运行管理的每一个制度体系和制度安排都与现代医院管理运行息息相关。现代医院管理制度大纲性的框架体系建设完成后，政府相关部门应作出相应的统筹安排，而医院本身也要建立相应的管理制度去适应政府的要求。 
一、外部需要全局规划 
医院一方面代表政府履行医疗卫生服务的社会职责，另一方面在市场经济的体制下运行，医院无法忽视其置身医疗市场的现实情况。审计部门和监察部门在进行相关检查时，如果采用与学校和政府文化部门完全相同的标准进行评价，医院就会出现很多不相一致的问题。出现这些问题的根源是我们没有相应的立法。假如目前立法有困难，在现代医院制度建立的过程中，至少应该出台相关的部门条例，这是医院在运营过程中可遵循的基本规则。 
现代医院管理制度绕不开区域卫生规划的问题。目前有些地区三级医院的比例太高，而缺少甚至完全没有二级医院，这势必导致区域内医院间患者转诊的困难，最终造成很多不需要长途转运的患者进行了长途转诊。这就需要恢复到正常的区域卫生规划，打造区域性医疗中心或者启动“三级特等医院”评价。